La suite se joue au niveau de l'intestin. Beaucoup de mauvaises bactéries ont réussi à déjouer les pièges des acides de l'estomac et arrivent donc dans ce haut-lieu des échanges dans l'organisme. En effet, c'est au niveau des intestins que va se faire le tri parmi les éléments que l'on a ingérés. Protéines, vitamines et consorts seront conservés pour être consommés ou stockés. Les éléments indésirables, parmi lesquels on retrouve les mauvaises bactéries, seront quant à eux rejetés.
© Udo Kroener La plupart des échanges avec l'extérieur se déroulent au niveau du système digestif, ce qui explique que 70 % des défenses immunitaires y soient concentrées.Nos défenses immunitaires, au premier rang desquelles les célèbres lymphocytes B, effectuent une bonne partie du travail : ils repèrent les agresseurs étrangers et les éliminent, comme les bons agents de sécurité qu'ils sont. "Pas moins de 70 % des défenses immunitaires de notre organisme se situent au niveau de l'appareil digestif", précise le Dr Joly. Logique, puisque beaucoup des échanges avec l'extérieur s'y déroulent.
Le principe des probiotiques que l'on trouve dans le commerce, c'est donc d'administrer une grande quantité de ces bonnes bactéries, afin qu'il en parvienne suffisamment dans l'intestin, qu'elles "coloniseront" temporairement en se multipliant. Cela peut paraître facile en théorie, mais en pratique, cela demande pas mal de recherche. En effet, ils résistent souvent mal aux acides de l'estomac. Il faut donc trouver le probiotique, la quantité et l'enveloppe adéquats pour que le processus se déroule au mieux. "Certains aiment mieux l'acidité que d'autres, explique le Dr Joly, du laboratoire Merck. Nous avons donc tendance à les privilégier. Par ailleurs, nous portons également beaucoup d'attention au système de protection que nous construisons autour. La capsule en elle-même (dans le cas des compléments alimentaires, NDLR) joue un rôle très important."